以抗体和抗原之间的专一性作用为基础用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来.
注意事项
1、IP样本用量较大，提供样本前需提前沟通；另外，样本必须是未经过冻存处理的，实验全程都需在低温条件下进行；
2、IP抗体的选择尤为重要，需从分子量、种属、抗体特异性、实验用量等多方面进行选择，所以设计方案时需提前与技术沟通，避免买错抗体造成浪费。
